En caso de quejas durante los comicios, será la Sala Superior del Poder Judicial la encargada de resolverlos.

La Sala Superior del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación será la encargada de resolver controversias, inconformidades o quejas que surjan en los comicios. En las elecciones del 2 de junio, esta entidad tiene un papel crucial, ya que será responsable de calificar las elecciones. La Sala Superior se encarga de resolver impugnaciones relacionadas con la elección presidencial, gubernaturas, incluyendo la jefatura de Gobierno de la Ciudad de México, así como elecciones federales para diputados y senadores por representación proporcional. La decisión de la Sala es inapelable. Actualmente, la Sala se compone de cinco magistrados: la presidenta Mónica Soto, Felipe de la Mata, Felipe Alfredo Fuentes, Yanino Tálora y Reyes Rodríguez Mondragón. Estos magistrados tienen hasta el 3 de agosto para resolver inconformidades sobre diputaciones y senadurías, y hasta el 31 de agosto para atender quejas relacionadas con la elección presidencial.